台北市長參選人丁守中落敗後申請驗票，結果從輸柯文哲3,254票，擴大為輸3,567票。但丁並未放棄，認為九合一選舉過程太多缺失與領票弊端，改提「選舉無效」訴訟，批評選舉亂象重傷台灣民主形象。
重新計票後，丁守中得票為57萬7,096票，柯文哲新得票數為58萬663票，兩人的票數都變少，柯少了157張，丁少了470張，令兩人差距擴大313票。因丁守中驗票未翻盤，保證金428萬餘元新台幣被沒收。
丁守中表示，驗票結果與預期沒有分別，誤差在300票內，但驗票確認為了很多選票是蓋手印，沒有兩位選監人員的蓋章，也出現很多選票沒有彌封，這些非法取票有利選舉無效官司攻防。他又批評，選務辦理有重大瑕疵，令很多人無法完成投票，間接限制了投票人的權利。至於保證金被沒收，丁表示有意以選務疏失為由要求政府賠償。
據台灣《選舉罷免法》第118條，如候選人候選人認為選舉委員會辦理選舉違法，足以影響選舉結果，可向台北地方法院提起「選舉無效」訴訟，控告台北市選舉委員，全案最長需審1年。
