民進黨在「九合一」選戰中慘敗，農業縣雲林、彰化更是重災區。實現高雄變天的韓國瑜是台北農產運銷公司(北農)的前總經理，外界稱民進黨「搶了菜攤、丟了江山」，有綠營人士更視北農總經理吳音寧為「頭號戰犯」。農委會主委林聰賢直言，「階段性任務已完成」，料會重覓總經理人選。北農最終召開董事會，並通過吳音寧立即解職的決議。
農委會副主委陳吉仲表示，非常肯定吳音寧的專業表現，從果菜市場的改建、農產品檢驗所使用的方法、獎金制度、聘用制度的建立都在她任內完成。他認為吳被外界「莫須有」的龐大壓力檢視表現，遭非專業勢力糟蹋，但她卻一直捍衛農業的核心價值。
吳音寧被解職後回到彰化溪州老家，她表示會重回作家身分，並會回到農業路上繼續努力。她認為，很多不實的訊息快速流竄，想要澄清的時候已廣泛散播，成為標籤和印象，社會應反思這種處境。但她沒有回應是否參選立委補選。
吳音寧曾捲入多項爭議，包括被指決定北農連續休市3日導致菜價大跌、缺乏經驗被批是「250萬新台幣實習生」、她缺席議會備詢被評為「神隱少女」、還傳出以公費安排歐洲12天參訪，行程包括紅燈區等事件。惟吳一直堅稱有人造謠，「不向謊言低頭，尤其不向強勢謊言低頭」。曾與吳多次隔空互嗆的柯文哲也慨嘆，吳總是被標籤顯示台灣的政治環境不是很健康，反問傳媒：「頭號(戰犯)輪得到她嗎？
