受縱貫東日本強颱風海貝思帶來的強降雨影響，日本多地暴發洪災，已造成42人死亡、11人失蹤。13日颱風已轉弱成為溫帶低氣壓並遠離日本。據悉，颱風期間，一艘巴拿馬註冊的貨船在川崎市附近沉沒，7名中國船員中的5人死亡。
據日本共同社報道，海貝思過境導致日本多處河流氾濫，目前有21條河流決堤24處，另有77條河流發生漫堤現象。其中，流經長野縣的千曲川決堤，造成長野市和千曲市大範圍被淹，大片住宅區被洪水包圍，有的房屋甚至被淹至2層。
日本東日本鐵路公司長野新幹線車輛中心未能倖免，承擔北陸新幹線三分之一運力的10列新幹線列車被洪水浸泡，有專家稱這些被泡的列車有可能全部報廢。
河水氾濫導致日本各地多個養老院被洪水包圍，許多老年人一度被困，其中包括千曲川流域5所福利設施的360名老人。後經日本員警和消防部門營救，大部分受困人員現已安全轉移。
日本多地還發生山體滑坡，群馬縣一處住宅被毀，3名居民死亡；福島縣一處住宅被沙土掩埋，房內居民仍在搜救之中。
此外，長野、福島、茨城等縣多條河上架設的鐵路橋被衝垮，東北自動車道和東名高速道路等17條線路19個路段塌陷，日本多地依然處於停電斷水狀態。
日本公共交通系統正在逐步恢復正常。除北陸新幹線、山形新幹線13日全天停運外，其他新幹線以及首都圈大部分線路13日下午基本恢復正常運行。日本羽田、成田等機場13日仍有800多個航班被取消，預計14日國內國際航班起降將基本恢復正常。
